日前，淮安市委常委、组织部朱维宁部长对淮安生物工程高等学校屡获表彰作出批示，称赞学校优异的办学业绩：在淮安生物工程高等学校师生的共同努力之下，近年来不断取得国家级荣誉表彰，可喜可贺。衷心祝愿学校继续努力，为淮安经济社会的发展多做贡献。

2006年以来，淮安生物工程高等学校连续被国家教育部、人事部、科技部表彰为“全国教育系统先进集体”“全国科技特派员工作先进集体”“全国农村成人教育先进学校”。2010年6月再传捷报，学校代表江苏省参加全国职业院校技能大赛的李士民同学勇夺农业技能大赛一等奖，这是淮安选手首次在全国职业院校技能大赛中获得一等奖，为江苏和淮安争得了荣誉。江苏省教育厅专门向淮安生物工程高等职业学校发来感谢信，表彰学校在全国大赛中取得的优异成绩。